Stéphane Fournier débute sa carrière au ministère de l’Économie et des Finances. De 1999 à 2008, il occupe des postes IT à responsabilité à l’étranger. Après un passage à la Française des Jeux, il rejoint Ubifrance en tant que RSSI, directeur technique et directeur de la production. En 2014, il entre à l’Institut Pasteur comme responsable de la production IT. Il en devient le DSI adjoint en 2017.
Stéphane Fournier est diplômé de l’École d’ingénieurs des technologies de l’information et du management.